Dosen Fakultas Hukum Universitas Gadjah Mada sejak 1994, juga sebagai Direktur Eksekutif Pusat Studi Multikulturalisme. Peneliti dan pembicara untuk isu perlindungan buruh perempuan di Indonesia dari perspektif hukum dan hak asasi manusia. Pernah melakukan kunjungan ke International Court of Justice dan International Criminal Court di den Haag, juga ke International Criminal Tribunal for the Former Yugoslavia (2006).

Pengajar mata kuliah ”Jender dalam Hubungan Internasional”, Jurusan Hubungan Internasional, Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik, Universitas Indonesia. Sejak tahun 2000 menjadi Peneliti dan pengelola program di Komnas Perempuan.

Aktif bekerja untuk isu lingkungan, masyarakat adat, konsumen, perempuan dan globalisasi, ketika ia bekerja di WALHI (Wahana Lingkungan Hidup Indonesia) antara tahun 1988 – 2000. Koordinator dan pengajar pada mata kuliah Feminist Political Ecology di Kajian Wanita Universitas Indonesia sejak 2001. Direktur debtWATCH Indonesia (2000 – 2008).

Program Manajer PKBI (Perkumpulan Keluarga Berencana Indonesia) Yogyakarta (1994 – 1999) turut membidani kelahiran WCC Rifka Annisa, Menjadi Direktur Eksekutif Perkumpulan PIKUL (2003 – 2007), sekarang aktif di Program Reparasi untuk International Center for Transitional Justice (ICTJ).

Pengasuh Pondok Pesantren Dar al Tauhid Arjawinangun – Cirebon. Menjadi pendiri berbagai macam LSM, seperti RAHIMA (Jakarta), Fahmina (Cirebon), WCC Balqis, dan Yayasan Puan amal Hayati (Jakarta). Sempat menjadi Wakil Ketua DPRD Kabupaten Cirebon (1999 – 2004), selain menulis berbagai macam artikel mengenai Fiqh perempuan, Jender di Pesantren dan Pluralisme.

Pengajar Hukum Adat dan Antropologi Hukum di Universitas Pancasila, pengajar Hukum dan Gender di Universitas Islam Attahiriyah, Jakarta, Menjadi Pengajar di D3 Pariwisata Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik, Universitas Indonesia,  mendirikan dan menjadi Ketua Asosiasi Pengajar dan Peminat Hukum Berperspektif Gender se Indonesia (APPHGI) periode 2004-2009, dan kini  sebagai Dewan Kehormatan APPHGI.

Alumni IAIN Sunan Kalijaga, Yogyakarta, menjabat sebagai Sekretaris Jenderal Koalisi Perempuan Indonesia (2004 – 2009), Wakil Sekjen jaringan nasional penanggulangan busung lapar (2005 – 2007). Masruchah aktif bekerja di isu hak-hak reproduksi perempuan, keterwakilan perempuan di lembaga publik, jender bujet, dan kebijakan-kebijakan inkonstitusional.

Komisioner dan Ketua Sub Komisi Pendidikan dan Litbang Komnas Perempuan periode 2007-2009. Membidani lahirnya organisasi Alimat, sebuah organisasi konsorsium yang melakukan gerakan keluarga yang setara dan  adil gender.  Ketua Pimpinan Pusat (PP) Fatayat Nahdlatul Ulama bidang Litbang (2005-2009) dan bidang Hukum dan Advokasi (2000-2005). Terlibat sebagai konsultan penelitian untuk Negara-negara berbasis Muslim yang tergabung dalam Women’s Empowerment in Muslim Contexts (WEMC)  (2005–2009), pengajar “Pemikiran Sosial dalam Islam dan Sosiologi Agama” pada Fakultas Filsafat dan Agama, Universitas Islam Negeri “Syarif Hidayatullah” Jakarta dan pernah menjadi Pemimpin Redaksi Jurnal “Dialog”, Badan Litbang Agama dan Diklat Keagamaan, Departemen Agama RI (2003- 2006). Menyunting dan menulis buku diantaranya  Muslimah Feminis: Penjelajahan Multi Identitas (2009); Gerakan Islam Indonesia Pasca Orde Baru: Merambah Dimensi Baru Islam (2006) dan Menapak Jejak Fatayat NU: Sejarah Gerakan, Pengalaman dan Pemikiran. (2005 )

Memiliki pengalaman sebagai pengajar di Fakultas Hukum selama 19 tahun tahun 1987-2006;Penggagas Integrasi mata kuliah Gender Hukum dan HAM sebagai Mata Kuliah mandiri dan wajib di Fakultas Hukum Universitas Muhammadiyah Jember tahun 1995;Ketua Pusat Studi Wanita Universitas Muhammadiyah Jember 1992-2001;Peneliti,Pelatih dan Fasilitator untuk isu perempuan tahun 1992-2006;Penggagas dan ketua Lembaga Layanan dan Perlindungan Perempuan dan Anak Korban Kekerasan di Kabupaten Jember tahun 2004-2006; Pendiri dan ketua Forum Komunikasi Perempuan Politik di Kabupaten Jember tahun 2004,Konsultan. Konsultan bidang Legal Drafting dan Kebijakan untuk Program Initiative Local Goverment Reform Depdagri (2006).

Bekerja di masyarakat sejak tahun 1988, ketika ia bergabung dengan KSPPM (Kelompok Studi Pengembangan Prakarsa Masyarakat) Siborong-borong, Sumatera Utara untuk isu petani dan masyarakat adat. Sekarang menjabat sebagai Sekretaris Eksekutif CREDO (Center for Organization and Democracy Development).

Aktif melakukan pembelaan hak-hak perempuan ketika mulai bergabung di LBH Semarang (1995), Direktur LRC – KJHAM – Jawa Tengah (1999), dan Koordinator Divisi Pelayanan Hukum LBH APIK – Jakarta (2006). Selain itu aktif dalam isu pemberantasan korupsi dengan mendirikan KP2KKN (Komite Pemberantasan dan Penyelidikan Korupsi, Kolusi, dan Nepotisme).

Sejak tahun 1997 aktif memperjuangkan keadilan jender khususnya di komunitas Protestan dan kelompok lintas iman. Aktif di MADIA dan ikut mendirikan Indonesian Conference on Religion and Peace/ICRP pada tahun 1999, keduanya LSM lintas iman di Jakarta. Mengajar Sejarah Kekristenan Indonesia dan Teologi Feminis dan memulai Pendidikan HAM di STT Jakarta sejak tahun 2004. Menjadi narasumber dan fasilitator pendidikan adil jender dan HAM di lingkungan gereja-gereja anggota Persekutuan Gereja-gereja Indonesia/PGI.

Pengacara praktek dan advokat sejak tahun 1985,yang aktif melakukan pembelaan hak-hak perempuan. Anggota Fraksi PDI Perjuangan DPR-RI dan MPR-RI masa bakti 1999 – 2004. Sebagai anggota DPR/MPR – RI ia aktif bekerja untuk isu kebebasan informasi, perlindungan tenaga kerja, dan agraria. Ia juga salah satu inisiator dan menjabat sebagai Ketua Presidium Kaukus Perempuan Parlemen Indonesia (2002).

Bekerja di isu perempuan sejak tahun 1997 ketika bergabung dengan Solidaritas Perempuan, kemudian ke masalah perempuan dan konflik, dan pekerja migran perempuan. Salah satu risetnya adalah Pekerja Migran Perempuan di Timur-Tengah. Menjadi salah satu pendiri Konsorsium Pembela Buruh Migran (Kopbumi).

Peneliti senior pada Pusat Kajian Pembangunan Masyarakat (PKPM), Unika Atma Jaya untuk isu jender, anak, keluarga dan pendidikan. Menjadi penulis untuk beberapa buku, jurnal dan laporan, serta pembicara dalam berbagai forum nasional dan internasional.