Realita dan masalah sosial, ekonomi, budaya dan politik di Papua mengalami perubahan yang signifikan seiring dengan pemberlakukan Undang-Undang Otonomi Khusus Papua pada tahun 2001. Meski demikian perubahan tidak selalu berarti kemajuan bagi masyarakat asli Papua, terutama bagi perempuan. Hasil kajian awal tim ad hoc Papua pada tahun 2007 menunjukan perempuan Papua mengalami kekerasan dan diskriminasi berlapis. Kekerasan dan diskriminasi yang dialami perempuan Papua mulai dari tingkat pendidikan yang rendah, rentan menjadi korban kekerasan dalam rumah tangga, status kesehatan yang rendah termasuk rentan terhadap penularan HIV/AIDS, rendahnya akses perempuan asli terhadap ekonomi, diskriminasi terhadap perempuan dan anak dalam adat. Kekerasan terhadap  perempuan lainnya terjadi dalam konteks eksploitasi sumber daya alam dan lingkungan, perampasan tanah adat dan bisnis perkayuan serta pendekatan keamanan yang menyebabkan banyak perempuan muda di perbatasan mengalami kekerasan seksual.

Dalam rangka membangun dukungan yang komprehensif untuk pemenuhan hak asasi perempuan di tanah Papua maka pada tahun 2008-2009, Komnas Perempuan memfokuskan pada program: Pengembangan Inisitif dan Kapasitas Masyarakat Lokal dalam Meningkatkan, Melindungi dan Menegakan Hak Asasi Perempuan di Tanah Papua.

Secara khusus, strategi kerja yang dikembangkan Komnas Perempuan yaitu bekerja sama dan memberi dukungan terhadap Pokja Perempuan-Majelis Rakyat Papua menjalankan mandatnya dalam konteks kerja sama dengan organisasi perempuan di Papua untuk membangun sistem penegakan hak asasi perempuan dan mekanisme kerja yang efektif serta mendukung upaya membuka jalan dan arah rekonsiliasi horisontal-vertikal di tanah Papua. Untuk itu, di tahun 2008, Komnas Perempuan memfokuskan diri pada tiga kegiatan utama yang menjadi landasan dasar, yaitu:

1. Lokakarya Penguatan Kapasitas Pokja Perempuan-Majelis Rakyat Papua untuk memanfaatkan landasan hukum pengembangan mekanisme dan upaya pemenuhan hak asasi perempuan di Tanah Papua.
2. Seminar dan Lokakarya Membangun mekanisme dan menemukan perangkat kerja yang efektif bagi Pokja Perempuan-Majelis Rakyat Papua dalam dukungan organisasi HAM perempuan Papua.
3. Dialog nasional tentang realita dan tantangan penegakan hak asasi perempuan di tanah Papua dengan lembaga pemerintah dan komunitas masyarakat sipil ditingkat nasional, guna membangun dukungan nasional dalam upaya pemenuhan hak asasi perempuan di Papua.

Sebagai tindak lanjut maka di tahun 2009, Komnas Perempuan memfasilitasi upaya peningkatan kapasitas organisasi yang bekerja untuk HAM perempuan di Tanah Papua dalam membangun kerjasama lintas institusi (negara, adat, agama) untuk penegakkan HAM perempuan Papua, khususnya terkait pendokumentasian kekerasan terhadap perempuan (KTP) dan pelanggaran HAM perempuan Papua, yang dilakukan melalui Pengembangan konsep dan instrumen pendokumentasian kekerasan terhadap perempuan (KTP) & pelanggaran HAM perempuan. Untuk tujuan tersebut, maka beberapa kegiatan utama yang dilakukan adalah: a) Pelatihan pendokumentasian KTP dan pelanggaran hak asasi perempuan di Papua, b) Pendokumentasian KTP dan pelanggaran hak asasi perempuan di tanah Papua oleh tim dokumentator lokal, c) Pelaporan dan Publikasi hasil pendokumentasian

Diharapkan nantinya terdapat perempuan lokal di Papua yang terbangun kapasitasnya dalam melakukan pendokumentasian hak asasi perempuan, dan terdapat laporan yang komprehensif mengenai kondisi kekerasan dan pelanggaran hak asasi perempuan lainnya di tanah Papua.

Sasaran kegiatan ini adalah organisasi masyarakat sipil yang bekerja untuk penegakan hak asasi perempuan di tanah Papua.

Agenda Program Papua,  November 2008-2009

Tujuan Strategis:

IV. Terbangunnya Mekanisme Komunikasi dan kerja sama sinergis lintas institusi secara efektif dan keberlanjutan antar kekuatan-kekuatan masyarakat dan negara untuk menghapuskan segala bentuk kekerasan dan diskriminasi terhadap perempuan